Uniprot（https://www.uniprot.org/）是信息最豐富、資源最廣的蛋白質序列數據庫，整合Swiss-Prot、TrEMBL 和 PIR 三大數據庫的數據而成。怎樣用uniprot對需要的蛋白進行注釋呢？那我們就用uniprot數據庫對一些微生物蛋白進行分型，找到這些蛋白對應的界門綱目科屬種的注釋信息。

首先，打開uniprot數據庫的網站，找到ID mapping。

進入IDmapping后，把需要注釋的蛋白id導入Provide your identifiers里面。Select options選擇默認選項就可以。導入蛋白完成后，點擊Submit。

其次，等網站注釋完成后，會跳轉到蛋白注釋頁面，里面有一些蛋白的基本注釋結果，比如entry，entryname，genename，length等等注釋。沒有我們需要的分型注釋。下面就需要我們把需要的注釋信息調出來。點擊columns；

比較重要的有蛋白，序列，長度，功能，表達，亞細胞，GO，標志物等等大量的注釋信息。還有關聯的string蛋白互作數據庫，ensemble數據庫等等常用數據庫。

點擊選擇界（Kingdom）、門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）、種（Species）。然后點擊右上角的SAVE進行保存。

保存完畢后，網頁會自動跳轉到注釋結果頁面，里面就會顯示剛才勾選的注釋信息。

這些蛋白的所在的生物分類就可以一目了然了。

當然，如果還想需要其他的注釋信息，可以根據自己的需求，勾選需要的，去掉不需要的。最后，得到了需要的注釋信息，我們可以把注釋信息下載下來，下面推薦excel格式的。

下載到本地后的數據格式為：

Krona分型圖

菌群熱圖

菌群堆積柱狀圖

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