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一兩次質譜實驗無法做到準確的有或無的鑒定，有很多原因造成某個蛋白不檢出，比如豐度較低，質譜采集的隨機性等等，經過質譜廣泛鑒定實驗可以初步指示可能存在的有或無的蛋白差異可能性，后期需要多次質譜實驗以及靶向質譜實驗驗證有或無的確定性。
一般的定量蛋白質組學實驗都是以共有蛋白為前提的，挑選不同樣本間的差異表達蛋白。
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